Главная цель научно-исследовательской работы в институте – активизация научных исследований, взаимосвязь науки и образования в подготовке учителя. Для усиления связи вузовской науки с образовательными организациями края в ЛПИ – филиале СФУ выстроены разные формы сотрудничества (филиалы кафедр, договора о сотрудничестве, конференции, семинары и др.)

Началом научной деятельности преподавательского коллектива Енисейского учительского института можно считать 1949 г., когда старший преподаватель кафедры русского языка и литературы А.И. Малютина была прикомандирована к Московскому областному педагогическому институту  для работы над кандидатской диссертацией. Она первая в институте стала кандидатом филологических наук.  В 1954 г. ученую степень кандидата исторических наук получила З.В. Стефанская. В 1960 г. ученую степень имели 14 человек, из них 5 – ученое звание доцента. Для научного роста  и повышения квалификации преподавателям создавались соответствующие условия: творческие отпуска за пятилетие были предоставлены 14 преподавателям, в научных конференциях и совещаниях в различных городах приняли участие 12 человек. Издавался сборник ученых трудов преподавателей института, который назывался «Ученые записки». В 60 гг. научный коллектив института пополняется кандидатами филологических наук П.Я. Гриб и Р.Т. Гриб, внесшими существенный вклад в развитие науки в Енисейском государственном педагогическом институте. В 1961 г. при институте была открыта Станция наблюдений за искусственными спутниками Земли, которую возглавил старший преподаватель кафедры физики В.А Воротников. Успешно защищают кандидатские диссертации на звание ученой степени кандидатов физико-математических наук, ветераны Великой Отечественной войны З.М. Патюкова (1964 г.)  и  К.А. Патюков (1967 г.). В те годы в институте велись исследования по филологическим, физико-математическим и педагогическим наукам.

Лесосибирский период жизни института характеризует активное развитие научной деятельности преподавательского коллектива. За это время институт стал признанным научно-методическим центром образования в регионе. Учеными Лесосибирского педагогического института были защищены 5 докторских диссертаций, стала вестись работа по грантам разных научных фондов.

В настоящее время преподаватели ЛПИ – филиала СФУ активно участвуют в международных и российских конференциях, грантовых программах различного уровня, публикуются в ведущих научных изданиях, воплощая в жизнь свои научно-исследовательские идеи и проекты. В 2017-2018 годах в институте реализовывались проекты, поддержанные Российским гуманитарным научным фондом и Красноярским краевым фондом науки в рамках регионального конкурса "Российское могущество прирастать будет Сибирью и Ледовитым океаном". Работа по этим проектам проводилась научными коллективами по руководством канд.филол.наук, доцента Т.А.Бахор «Региональная идентификация и самоидентификация жителей Приенисейской Сибири: фольклорный. Этнографический, лингвокультурологический, литературный дискурсы и их актуализация посредством интерактивной карты» и канд.пед.наук, доцента Е.В.Семеновой «Создание пакета культурно-исторических и научно- методических образовательных материалов к празднованию 400-летия основания г. Енисейска». Ежегодно преподаватели института становятся победителями конкурса Конкурс по организации проведения мероприятий по профессиональной ориентации молодежи  (ККФНиНТД) и реализуют проекты раной направленности. Например, проекты канд.физ.-матем.наук, доцента Е.Н.Яковлевой «Региональный интеллектуальный турнир для школьников «Mathbattl» и старшего преподавателя кафедры педагогики Т.В.Газизовой «Региональный фестиваль «Я открываю мир науки». Студенческая грантовая деятельность предполагает участие в грантовых программах фондов ККФНиНТД, М.Прохорова, Росмолодежь, Студенческая инициатива и др. Развитие и эффективная реализация условий и механизмов принципа академической мобильности в ЛПИ – филиале СФУ привели к положительным результатам. Ежегодно в среднем каждый десятый студент ЛПИ – филиала СФУ. Только в 2017 году 35 студентов ЛПИ – филиала СФУ стали победителями грантовых программ. Студенты получают уникальную возможность побывать в ведущих вузах Сибири и Урала (Новосибирска, Томска, Иркутска, Екатеринбурга и др.) и центра страны (Москва, Санкт-Петербург, Тула, Великий Новгород и др.), сформировать и развить общекультурные компетенции. Мобильность позволяет студентам повысить свой интеллектуальный потенциал.

Ежегодно в институте во всех видах НИРС участвует в среднем около 150 студентов. Результатами НИРС являются студенческие публикации в сборниках по материалам Международных и Всероссийских конференций. Ежегодно общее количество студенческих публикаций составляет более 250. В последние годы растет число зарубежных студенческих публикаций. Только в этом году их более 50 работ, опубликованных в научных изданиях Польши, Чехии, Англии, США и др. Студенты ЛПИ – филиала СФУ ежегодно становятся победителями Международных и Всероссийских конференций, олимпиад и конкурсов научно-исследовательских работ. Только в 2017 году призерами и победителями конференций стали 12 студентов; в конкурсах научных работ призовые места заняли 25 студентов; победителями олимпиад стали 2 команды нашего института.

• 2 студента - стипендиаты стипендии Президента РФ,
• 3 студента - стипендиаты стипендии Правительства РФ.

• 4 студента стали стипендиатами Оксфордского российского фонда;
• 2 студента – стипендиаты стипендии Президента РФ,
• 4 студента – стипендиаты стипендии Правительства РФ.